Od vize školy, nabízet vzdělání pouze nadaným dětem ze sociálně znevýhodněného prostředí, směřujeme k vizi inkluzivní školy, která odpovídá na podněty všech dětí s citlivostí pro jejich odlišné vzdělávací potřeby a sociální zázemí. Snažíme se optimálním způsobem rozvíjet možnosti jak žáků nadaných, tak různým způsobem znevýhodněných, aby každý z nich objevil a naplno rozvinul svůj individuální potenciál.
Posláním školy Nativity je poskytovat vzdělání dětem na druhém stupni základní školy, tj. od 6. do 9. třídy, které zvláště potřebují pro své učení menší kolektiv žáků a nadstandardní podporu ze strany učitelů. Škola Nativity je určena především dětem, jejichž potenciál k učení je silně ovlivňován příznivým sociálním klimatem a podporujícím vztahem ze strany učitelů.
KZŠ Nativity usiluje stavět svou vizi a poslání na základních křesťanských hodnotách, které se promítají do jejích pedagogických zásad:
(Podmínkou pro práci a studium v Nativity není příslušnost k náboženství ani náboženská víra, ale respekt k těmto křesťanským postojům)